Fita complementar DNA

O campo único aceita uma sequência de DNA — o exemplo carregado é ATGCGTACGTAC — e o script percorre a entrada letra por letra aplicando uma tabela de quatro entradas: A vira T, T vira A, G vira C e C vira G. A saída do exemplo é TACGCATGCATG, recalculada a cada tecla. Antes do pareamento a entrada passa por maiúsculas, então sequência em letra minúscula (o mascaramento suave que os genomas de referência usam para regiões repetitivas) funciona sem ajuste nenhum. A página faz o pareamento de bases e nada além disso: não conta GC, não estima Tm, não alinha nem procura sítios de restrição.

O detalhe que engana é a orientação. As bases saem na mesma posição em que entraram, da esquerda para a direita, mas as duas fitas do DNA são antiparalelas. Se a entrada está escrita no sentido 5' para 3', como manda a convenção, a saída lida da esquerda para a direita está no sentido 3' para 5'. Ela é o parceiro correto base a base, alinhado embaixo da entrada como num desenho de dupla-hélice, e é exatamente o que você quer para conferir pareamento, sítios de anelamento ou uma mutação pontual nas duas fitas. Não é, porém, o que se encomenda como oligonucleotídeo. Para escrever a fita parceira na convenção 5' para 3', inverta a saída: TACGCATGCATG de trás para frente é GTACGTACGCAT, que é justamente o que a ferramenta de reverso complementar devolve direto.

Qualquer caractere fora das quatro bases vira string vazia, sem aviso. ATGNCGT devolve TACGCA: seis letras para uma entrada de sete, porque o N sumiu no meio e o resto se juntou. Os códigos IUPAC de ambiguidade (R, Y, S, W, K, M), os hífens de gap de um alinhamento e a numeração de posição caem todos. O U também não está na tabela, então colar RNA aqui apaga cada uracila — AUGC volta como TCG. Uma entrada sem nenhuma base válida deixa a caixa em branco, sem mensagem de erro. O hábito que evita a armadilha é simples: compare o comprimento do que você colou com o do que saiu, e desconfie de qualquer diferença.