Reverso complementar DNA

A ferramenta tem um campo de DNA — o exemplo é ATGCGTACGTAC — e encadeia duas operações: quebra a sequência em caracteres, inverte a ordem e depois troca cada base pela parceira com a tabela A com T e G com C. A ordem entre inverter e complementar não altera nada, o resultado é o mesmo, e o exemplo devolve GTACGTACGCAT. Dá para conferir na mão: o complemento de ATGCGTACGTAC é TACGCATGCATG e, lido de trás para frente, vira GTACGTACGCAT. A saída já sai no sentido 5' para 3', que é a convenção em que primers e oligos são escritos, cotados e encomendados.

Essa é a operação de todo dia em PCR. O primer forward é uma cópia do começo do amplicon na fita de cima; o primer reverse é o reverso complementar do final desse mesmo amplicon. Se a região termina em GGTCAGTTCACG na fita de cima, o primer reverse é CGTGAACTGACC — cole a primeira sequência e compare. Existe um teste de sanidade rápido: sítios palindrômicos de enzimas de restrição devolvem eles mesmos. GAATTC, o sítio da EcoRI, tem GAATTC como reverso complementar; se a saída não bater com a entrada nesse caso, foi erro de digitação. A mesma transformação serve para trazer um hit de BLAST que caiu na fita minus de volta para a orientação da fita plus antes de comparar com a referência, ou para ler um trecho de sequenciamento que veio do primer oposto.

Os limites são de dois tipos. O primeiro são os códigos degenerados: a tabela tem só quatro entradas, então qualquer outra letra vira vazio. Um primer degenerado como ACGTRYN devolve ACGT, quatro bases no lugar de sete, sem nenhum aviso — o reverso complementar correto trocaria R por Y, Y por R e N por N, mantendo o comprimento. Encomendar oligo a partir dessa saída sai caro. O U também não está na tabela, então RNA volta mutilado. O segundo limite é de escopo: a página faz a transformação de sequência e nada mais, não calcula Tm, não mede conteúdo GC, não procura grampo nem dímero de primer. E como a inversão é aplicada ao texto inteiro colado, um FASTA com cabeçalho ou com vários registros volta embaralhado, com as letras do cabeçalho misturadas às bases.